MeV4

たまには(本当にたまには)研究のブログ。


以前はDNA microarray屋で、真面目に自分でR (Bioconductor)をまわしたり、MeV4でclusteringをしたりしていました。


しかし最近は、はやりの次世代シーケンスブームで、こういった基礎的な解析をすべて共同研究者や外注に任せる日々が続いていました。


と・こ・ろ・が・・・

オランダで単独行動中ということもあり、久しぶりに自分で解析する事態が発生。

しかもnon-coding RNAのexpression listなので、Pathway ほにゃららのような便利ソフトウェアも使えず(gene nameなどのannotationがない)、ガチで最初からやるということに



えっと・・・Bioconductorのインストール方法ってどうするんだっけ?

RankProdのコマンドは、確か3年前に書いた最後のものがPCのどこかにあるはず・・・。

などと試行錯誤の果て、やりぬきました。


こういうのもたまには新鮮でいいですね!


そして驚いたのがMeV4


以前は単なるclustering softwareという認識だったのですが、使ってみると超便利に進化していました。

クラスター図を作るだけが目的だったのですが、(記憶をよみがえらせるために時間のかかった)Rなんて使わずに最初からMeV4ですべてやればよかったと反省。


これからは他人任せにせず、もう少し自分でも次世代データの解析をしようと思いました。



あれ?すでに1つ外注中でした・・・。